Das Seeholz ist einer von 22 Standorten in Bayern, in dem die Urwaldrelikt-Käferart Eremit (Osmoderma Eremita) nach-weislich existiert. Als weiteres streng geschütztes Urwald-relikt ist der Schwarze Grubenlaufkäfer (Carabus nadulosus) in den Auwaldbiotiopen des Seeholzes noch heimisch. 
Viele der 55 nachgewiesenen Käferarten sind xylobiont (an Holz- bzw. Totholz gebunden) und auf der Roten Liste ver-zeichnet. Darunter der Schienenkäfer (Isorhipis marmottani = Urwaldrelikt), die Hirschkäferart Aesalus scaraboides, der Schnellkäfer (Ampedus cardinalis = Urwaldrelikt) und der Schwammkugelkäfer (Liodopria serricornis). Die aufgezählten Rote-Liste-Arten sind ausschließlich auf starke, zum Teil geschädigte aber noch lebende Alteichen angewiesen.

Im  Vorfrühling fasziniert das Seeholz mit der Massenblüte der Frühlingsknotenblume – auch Märzenbecher genannt – die Be-sucher. Die weißen Blütenteppiche breiten sich besonders auf Flächen mit hohem Eichenanteil im nördlichen Teil des See-holzes aus. Leucoju, Verbum, wie der wissenschaftliche Name der Frühlingsknotenblume lautet, siedelt bevorzugt auf feuchtem und nährstoffreichen Untergrund. Der Märzenbecher ist in der Roten Liste der Farn- und Blütenpflanzen mit der Kategorie 3 als ge-fährdet eingestuft. 

Bei mykologischen Exkursionen bzw. Bestandsaufnahmen wurden im Waldbereich des Seeholzes über 400 Pilzarten gezählt, wobei im unsichtbaren Reich der ‘Seeholz-Pilze’ eine mehr als doppelt so hohe Artenzahl vermutet wird. Das NSG Seeholz ist zu den bedeutendsten Standorten seltener Pilzarten im Alpenvorland zu zählen.