Die Satellitenaufnahme vom Ammersee zeigt gelb markiert die Lage des Seeholzes am westlichen Ammerseeufer zwischen den Ortschaften Riederau und Holzhausen. Im Norden und Westen begrenzen landwirtschaftlich genutzte Wiesen und Äcker das ca. 97 ha große Naturschutzgebiet ‘Seeholz und Seewiese’.   An der südlichen Waldgrenze breiten sich Streuwiesen aus, die mit dem östlichen Schilfgürtel und der vorgelagerten Flachwasserzone den waldfreien Teil des Naturschutzgebietes bilden. Das Seeholz fällt in seiner Gesamtheit von 548 m Meereshöhe im Westen leicht nach Osten zum Ammersee hin auf ca. 533 m NN ab.
Von Gletscherabflüssen einst angeschwemmtes Moränenmaterial sowie nacheiszeitliche Seetonablagerungen bilden teils undurchlässige Schichten, sodaß im gesamten Waldgebiet meist feuchte bis nasse Bodenverhältnisse vorherrschen. Trockene Bereiche findet man nur auf Geländekuppen, entlang des Waldrandes im Norden und im Verlauf tief eingeschnittener Gräben.
Die Eisenbahnlinie teilt das Seeholz in einen östlichen und westlichen Bereich. Parallel zur Bahntrasse verläuft ein Rad- und Wanderweg. Östlich davon besteht zum Schutz der Brutvögel im Uferbereich von Anfang März bis Ende August ein generelles Betretungsverbot.