Eichen-Hainbuchenwälder wie im Seeholz sind meist aus historischer Niederwald- und späterer Mittenwaldnutzung hervor-gegangen. Zur Gewinnung von Brennholz und Eichenrinde wurden Laubbäume im Turnus von 15 bis 30 Jahren ‘auf den Stock gesetzt’. Aus den im Boden verbliebenen Wurzelstöcken wuchs der Bestand wieder nach, um erneut abgeerntet zu werden. Bevorzugt wurden Baumarten, die zur Regeneration durch Stockausschläge fähig sind, also vorwiegend Hainbuchen, Erlen, Eichen, Ahorn und Eschen. Aus der Niederwaldwirtschaft entwickelte sich die Nutzungsform des Mittelwaldesm als zumeist gut gewachsene Bäume – bevorzugt wurden Eichen – vom Abhieb verschont wurden. So entstanden Wälder mit gleichaltriger Unterschicht und einer Kronenschicht aus Lichtbaumarten wie Eiche und Esche mit unterschiedlicher Altersstruktur.  
Weit verbreitet war seit dem frühen Mittelalter auch die Waldweide. Diese historische Nutzungsform hat sicher auch im Seeholz stattgefunden, wenn auch mit Einschränkungen, da die Vorrechte der Wittelsbacher Landesfürsten zu beachten waren, denen das Seeholz als Jagdgebiet diente. 

Hinweise auf historische Nutzungsformen finden sich auch heute noch im nördlichen Teil des Seeholzes. Die starken Alteichen und mächtigen Rotbuchen im ‘Unteren Seeholz’ gelten als Relikte ehemaliger Hutewaldnutzung und Mittelwaldwirtschaft. Endgültig aufgegeben wurden Waldweide und Laubentnahme erst in der Mitte des 19. Jahrhunderts. Schon damals galten die Laubholzbestände und vor allem die Eichen im Seeholz als Besonderheit, die es zu schützen galt. Die erste Naturschutzverordnung datiert aus dem Jahr 1954. Dreißig Jahre später wurden in einer modifizierten Fassung die südlich angrenzenden Streuwiesen sowie die Schilf- und Verlandungszone am Seeufer muteinbezogen. In der europaweiten Registrierung von schützenswerten Landschaften und naturnahen Lebensräumen für das Natura-2000-Projekt wurden auch die Gebietsdaten des Seeholzes erfaßt. Auf der Grundlage aktualisierter Kartierungen sollen notwendige Erhaltungs- und Pflegemaßnahmen im Rahmen des Natura-2000-Prozesses koordiniert und umgesetzt werden.